参考答案: D

详细解析:

客户只批准了部分包裹的装运，项目经理需要调查、分析客户未批准包裹情况的原因。且客户一直没有参加本该参加的电话会议，说明客户的参与度可能也存在一定的问题。所以当前需要对客户未批准包裹装运的情况进行根本原因分析，并讨论客户的参与度。
所以本题的最佳选项为D选项。
选项A，题干并没有指明货物没有被包含在项目管理计划中，而是客户只对部分包裹进行了批准装运。
选项B，直接要求客户延长交货日期是消极的做法。
选项C，通知客户包装无法生产是消极的做法。