参考答案: D

详细解析:

本题考查：管理相关方参与
项目经理在实施一个新的软件系统时，遭到了部门员工的质疑，说明在项目实施初期，并未对相关方参与度进行评估，所以应该提前制定好相关方参与计划，管理相关方参与，所以本题D为最佳实践。
A选项，题干中并未提及公司文化，无法证明公司文化不鼓励变革。
B选项，上报领导层的做法太过消极，无法体现项目经理积极处理问题。
C选项，沟通管理计划侧重于在正确的时间把正确的信息传达给正确的人，题目中并不涉及沟通的问题。