参考答案: (1)招标过程中存在的不妥：对土工工程量计算错误的更改未通知其他投标人；

(2)签订合同3天后建设单位要求必须签订补充协议的要求不合理。因为他违背了招投标法关于招标人和中标人不得再行订立违背合同实质性内容的其他协议的规定。

(3)B企业提出的修改合同协议书的要求合理。
根据招投标法规定，投标人接到中标通知后，应按照招标文件和中标人的投标文件订立书面合同，招标人和投标人不得再行订立违背合同实质性内容的其他协议。显然，合同中关于调整综合单价约定的工程量变化幅度条款与招标文件不符，是对招投标法中上述规定的违背，因此，B企业有理由提出修改合同协议的要求。
（4）施工单位可以提出的索赔包括：
1）地质报告中未注明的枯井清理，属于业主应承担的风险，因此施工单位可提出枯井处理费2万元，延误工期2天的补偿要求；
2）季节性暴雨是施工单位可以预见的风险，应该有相应的处置预案。因此由此造成的损失（包括费用损失和工期延误）应由施工单位承担，不能就此提出索赔。


(4)施工单位可以提出的索赔包括：
1）地质报告中未注明的枯井清理，属于业主应承担的风险，因此施工单位可提出枯井处理费2万元，延误工期2天的补偿要求；
2）季节性暴雨是施工单位可以预见的风险，应该有相应的处置预案。因此由此造成的损失（包括费用损失和工期延误）应由施工单位承担，不能就此提出索赔。

详细解析: