软件公司享有商业秘密权。一项商业秘密受到法律保护的依据，必须具备构成商业秘密的三个条件，即不为公众所知悉、具有实用性、采取了保密措施。商业秘密权保护软件是以软件中是否包含着“商业秘密”为必要条件的。该软件公司组织开发的应用软件具有商业秘密的特征，即包含着他人不能知道的技术秘密；具有实用性，能为软件公司带来经济效益；对职工进行了保密的约束，在客观上已经采取相应的保密措施。

    该开发人员的行为侵犯了公司的商业秘密权。《反不正当竞争法》中罗列的侵犯商业秘密的行为之一是“违反保密义务披露、使用或允许他人使用其掌握的商业秘密”。该开发人员不顾权利人（软件公司）的保密要求，擅自特其所知悉的软件技术秘密通过论文披露，属于侵犯商业秘密权的行为。