参考答案: B

详细解析:

本题考查：项目运行环境
项目经理作为对本项目的负责人，对于本项目的特点应该最为熟悉，提出的意见应该是有一定价值的，而PMO是促进资源、方法论、技术共享的一个组织，承担整个组织范围的职责，在支持战略调整和创造组织价值方面发挥重要的作用。所以，当这两者之间的意见有不同时，最好能一起讨论一下项目经理所提出的建议，确定一下是否可以执行，避免因为任何一方的偏见导致项目的治理方向出错。因此本题的最佳实践为B选项。
A选项，直接修改PMO的政策不妥当，应该在变更被确认可以执行且被批准后再由PMO进行修改。
C选项，不能直接忽略，如果是对项目有价值的程序应该尽量与PMO协商保留下来。
D选项，这是直接就按照项目经理的建议推进项目治理了，不太妥当。