参考答案: C

详细解析:

本题考查：资源管理
题干中提及客户要求必须由客户团队完成安全子系统的集成，那么作为项目经理即使不希望有这样的外部依赖关系，也是需要考虑到客户的需求，不能直接拒绝。如果是由客户团队来完成安全子系统的集成，那么责任也应该由客户那边承担。因此C选项是可选的。
A选项，直接无视客户的要求，不妥。
B选项，项目经理首先需要处理客户的需求，而不是将该需求当做问题记录起来。
D选项，在集成开始实施前，应该要记录好所属责任，否则集成中发生的任何问题找不到归属者，会给团队带来不必要的影响。
综合以上，本题最佳实践为C选项。