参考答案: D

详细解析:

本题考查：管理质量
根据题干，在交付产品时，客户满意但是经过内部审计发现缺少重要的流程和批准文件，项目被评估为不合规。很明显该审计就是质量审计，质量审计是用于确定项目活动是否遵循了组织和项目的政策、过程与程序的一种结构化且独立的过程。发现了流程中的问题，那么下一步应该考虑找到发生问题的根源。因此本题的最佳实践是D选项。
选项A，内部质量审计不合格，缺少程序，并不一定就是质量管理计划存在问题，恰恰是没有达到质量标准所以发生问题。
选项B，要先分析原因，寻找差距之后才能更新缺少流程和文件。
选项C，题干没有表明质量管理过程已经不符合项目目标了，只是存在问题需要解决。