参考答案: D

详细解析:

知识点：问题的处理流程
关键词：存在重大预算超支，重新拉回正轨
针对项目已经发生的问题，处理流程如下：
1. 识别问题并记录至《问题日志》；
2. 对问题进行根本原因分析；
3. 通过识别的原因制定可能的解决方案；
4. 对可能的解决方案进行备选方案分析；
5. 执行选定的解决方案；
6. 跟进并确保方案有效解决，并关闭问题日志。
A选项：问题的处理与变更流程无关；
B选项：先确定原因，如果是因为资源引起的问题才会更新资源管理计划，B是D之后可能存在的动作；
C选项，目的是为了解决当前已经发生的问题，风险针对未来还未发生的事件，所以不选；
D选项，针对项目的当前情况，先分析原因再制定解决方案，为本题最佳实践。