参考答案: A

详细解析:

本题考查最终报告的内容。
关键词：进入收尾阶段，发现有成本的偏差，只需要记录到最终报告即可。最终报告中有项目各部分绩效的相关信息，包括目标和实际情况，以及产生偏差的原因，相当于对项目的一个最终汇总。因此选择A选项。
B选项：已经收尾，不需要再反过来修改项目章程，且项目经理无权修改项目章程。
C选项：项目管理计划中的是规划时的基准，不需要记录实际情况和偏差到计划中。
D选项：变更日志记录所有变更的状态，这里是收尾时绩效偏差的记录，与变更日志无关。