参考答案:
[问题1]
不妥之处1. 投标文件的截止日期是
不妥之处2. E单位的投标文件应当被认为是无效投标而拒绝。理由是：因为招标文件规定的投标保证金是投标文件的组成部分，因此，对于未能按照要求提交投标保证金的投标（包括期限），招标单位将视为不响应投标而予以拒绝。
[问题2]
在本案例中，要约邀请是指招标人的招标文件，要约是投标人的投标文件，承诺是招标人发出的中标通知书
[问题3]
承建单位应当承担违约责任。
因为原合同有效，变更无效。《合同法》规定，变更合同应当采取书面形式，本案中建设单位要求临时停工并不得顺延工期，是建设单位与承建单位的口头协议；其变更协议的形式违法，是无效的变更，双方仍应按照原合同规定执行。
详细解析:
【问题1】
《招标投标法》第三十四条规定：“开标应当在招标文件确定的提交投标文件截止时间的同一时间公开进行”。而本题中提供的情况是“招标文件规定2006年3月30日为提交投标文件和投标保证金的截止日期，2006年3月31日举行开标会。这是显然不符合《招标投标法》，所以是错误的。
虽然《招标投标法》没有规定一定要提交投标保证金，但是招标方在招标文件中规定2006年3月30日为提交投标文件和招标保证金的截止日期，而E单位于2006年3月31日才提交了投标保证金，应当被视为未响应招标要求。
【问题2】
要约邀请是希望他人向自已发出要约的意思表示，招标文件的作用就是希望潜在的投标人来投标（发要约），所以要约邀请与招标文件对应；要约是希望和他人订立合同的意思表示，所以要约与投标文件对应；承诺是受要约人同意要约的意思表示，所以承诺与中标通知书对应，承诺一旦生效，合同即成立。
【问题3】
事件2涉及进度变更和合同变更。考生要抓住如下要点。1、凡变更都要得建设单位、承建单位和监理单位三方书面确认，而事件2中只有建设单位和承建单位的口头确认；2、凡变更都应该执行变更控制程序，要经过变更控制委员会批准，并做好相应的配套处理工作；3、合同变更要求当事人以书面形式确认，否则合变更无效；4、原合同仍有效，事件2变更无效，双方须按原合同执行。综上所述，承建单位应当承担违约责任。