参考答案:

【问题1】
　　不妥之处为补充协议的合同金额超过了原合同总金额的10％。
　　根据《中华人民共和国政府采购法》，政府采购合同履行中，采购人需追加与合同标的相同的货物、工程或者服务的，在不改变合同其他条款的前提下，可以与供应商协商签订补充合同，但所有补充合同的采购金额不得超过原合同采购金额的10％。
【问题2】
　　（l）提出索赔要求；
　　（2）提交索赔资料；
　　（3）索赔答复；
　　（4）索赔认可；
　　（5）提交索赔报告。
　　或：（4）索赔分歧；
　　（5）提请仲裁，或者提起诉讼。
【问题3】
　　A公司在接到政府B部门的索赔要求及索赔材料后，应根据A公司与政府B部门签订的合同，进行认真分析和评估，给出索赔答复。
　　在双方对索赔认可达成一致的基础上，向政府B部门进行赔付；如双方不能协商一致，按照合同约定进行仲裁或诉讼。
　　同时A公司依据与C公司签订的合同，向C公司提出索赔要求。

详细解析:

本题的核心考查点是项目合同索赔处理问题，属于工程建设项目中常见的一项合同管理的内容，同时也是规范合同行为的一种约束力和保障措施。
【问题1】
　　要求考生分析A公司与政府B部门签订的补充协议有何不妥之处，其实是在考查考生是否具有政府采购相关经验，是否熟悉政府采购法相关条款。从试题说明中考生应能发现，项目甲方是政府部门，那么通常要走政府采购流程。而在政府采购法中，对补充合同的金额是有明确规定的，那就是不能超过原合同金额的10％。进一步分析试题说明，对比原合同金额和补充合同金额，这个问题的答案也就出来了。
【问题2】
　　考查考生对合同索赔处理流程的掌握程度。依据《系统集成项目管理工程师教程》第13章13.5节的相关内容，稍作提炼总结，即可正确解答本题。

【问题3】
　　是对问题2的进一步深化，考查考生应用理论知识分析、解决具体问题的能力。考生应结合案例实际，阐述索赔处理的具体流程。在这里考生要注意两点：首先是要从A公司的角度考虑赔偿政府B部门损失的问题；其次要从A公司的角度考虑向引发损失的C公司进行索赔的问题。很多考生会忽略第二点情况。