参考答案: D

详细解析:

甲公司软件设计师完成了一项涉及计算机程序的发明。之后，乙公司软件设计师也完成了与甲公司软件设计师相同的涉及计算机程序的发明。甲、乙公司于同一天向专利局申请发明专利。此情形下，由甲、乙公司协商确定的公司是专利权申请人。
因为专利权的申请原则为：
谁先申请谁拥有；同时申请则协商归属，如果协商不成，则同时驳回双方的专利申请。