参考答案: B

详细解析:

选项A，工程师应于收到承包商期中支付申请报表和证明文件后28天内，签发期中支付证书

选项C,履约证书是承包商已按合同规定完成全部施工义务的证明,因此该证书颁发后工程师就无权再指示承包商进行任何施工工作,承包商即可办理最终结算手续。

选项D,工程接收证书：发包人经过验收后同意接受工程的，应在监理人收到竣工验收申请报告后的56天内，由监理人向承包人出具经发包人签认的工程接收证书。

在收到最终报表及书面结清单后28天内，工程师向业主发出一份最终支付证书。因此正确答案是B