参考答案: D
详细解析:
本题考查信息安全相关知识。应用系统运行中涉及的安全和保密层次有4个层次，包括系统级安全、资源访问安全、功能性安全和数据域安全。
根据应用系统所处理数据的秘密性和重要性确定安全等级，安全等级可分为保密等级和可靠性等级两种，系统的保密等级与可靠性等级可以不同。
保密等级应按有关规定划为绝密、机密和秘密。
可靠性等级可分为三级：对可靠性要求最高的为A级，系统运行所要求的最低限度可靠性为C级，介于中间的为B级。
选项A的描述为：“系统运行安全和保密有5个层次，包括设备级安全、系统级安全、资源访问安全、功能性安全和数据安全”。这种说法是错误的，系统运行安全和保密有4个层次：系统级安全、程序资源访问控制安全、功能性安全、数据域安全。
选项B的描述为：“机房分为4个级别：A级、B级、C级、D级”。这种说法是错误的。机房分为3个级别：A级、B级、C级。
选项C的描述为：“根据系统处理数据的重要性，系统可靠性分A级和B级”。这种说法是错误的。
选项D描述正确。