参考答案: ACD

详细解析:

1.召开第二次开标会，会上只宣读修改后的技术标；A正确。

2.第二阶段评标，评标委员会首先检查各投标书是否按照第一阶段提出的要求做了响应性的修改，未达到要求的标书将予以淘汰；C正确。

3.对投标书中的不正确之处，召开澄清问题会要求投标人予以说明；B选项错误。

4.第一阶段招标是为了选出可接受的方案，然后在第二阶段中邀请被选中方案的投标者进行报价竞争，因此第二阶段评标的重点是各投标人的投标报价；D正确。

5.第二阶段选出几个技术标较好的投标人开启其商务标，而技术标未通过者，商务标原封不动退还给投标人。所以E不正确。

正确选项为ACD。